Заједнички технички секретаријат (ЗТС) са седиштем у Лесковцу, Република Србија, са антена канцеларијом у Куманову, Република Северна Македонија, успостављен је за потребе Програма. Његова улога је да пружи подршку Заједничком надзорном одбору (ЗНО) и оперативним структурама обе земље, посебно у погледу обезбеђивања истински прекограничног приступа у односу на потенцијалне апликанте, кориснике и акције одабране за финансирање у оквиру Програма.
Дужности Заједничког техничког секретаријата укључују, између осталог, пружање подршке потенцијалним апликантима и корисницима, праћење одабраних пројеката, прикупљање поузданих података на оперативном нивоу и њихово прикупљање на програмском нивоу, пружање инпута Оперативним структурама које се сматрају потребним или неопходним (на пример, у вези са годишњим и завршним извештајима о спровођењу Програма), као и креирање и спровођење активности информисања, публицитета и видљивости у вези са Програмом. Поред тога, кроз подршку и надгледање пројеката, ЗТС ће доставити релевантне информације Уговорном телу, указујући на потребу за потенцијалним корективним мерама у односу на сам пројекат у складу са преузетим обавезама. Трошкови Заједничког техничког секретаријата покривени су приоритетом техничке помоћи у оквиру Програма и његове активности ће се проводити у складу са планом рада који годишње одобрава ЗНО.
