Оперативну структуру Републике Србије за програм чине Шеф оперативне структуре, заједно са Јединицом за подршку, Тело за прекограничну сарадњу и Тело за уговарање; прва два ће се налазити у српском министарству задуженом за европске интеграције, а последње у министарству надлежном за финансије Републике Србије.
Особа одговорна за послове оперативне структуре за управљање програмима прекограничне сарадње у оквиру ИПА 2 (Шеф оперативне структуре) је одговорна за сарадњу са Националним службеником за одобравање како би се осигурала законитост и правилност текуће трансакције и одговорно финансијско управљање програмима прекограничне сарадње, као и сарадњу са националним ИПА координатором, како би се осигурало постизање циљева и резултата програма прекограничне сарадње, осигуравајући законитост, валидност и одговорно финансијско управљање у оквиру оперативне структуре за управљање програмима прекограничне сарадње;
Тело за програме прекограничне сарадње је одговорно за припрему програма прекограничне сарадње или измене и допуне (ревизије) програма, израду билатералних споразума и осигурање њихове примене, осигуравајући учешће на састанцима заједничких надзорних одбора и другим билатералним састанцима, који дозвољавају именовање представника Заједничког надзорног одбора, његово оснивање и обезбеђивање људских ресурса за његово правилно функционисање, припрему и спровођење стратешких одлука, пружање подршке раду и пружање информација потребних за извршење задатака посебно информације о напретку програма у постизању циљева предвиђених тематским приоритетима дефинисаних у Програму прекограничне сарадње, као и за друге функције у складу са релевантним законодавством ЕУ и Србије.
Тело за уговарање је одговорно за за послове спровођења поступка јавних набавки (објављивање позива за предлоге пројеката), уговарања, вршења плаћања, рачуноводства, праћења спровођења уговора и финансијског извештавања у вези са грантовима или другим уговорима који се односе на имплементацију ИПА 2 програма прекограничне сарадње, као и друге послове у складу са ЕУ и српским законодавством.
Оперативну структуру Републике Северне Македоније за програм чине Шеф оперативне структуре, Тело за прекограничну сарадњу и Контролно тело. Улогу руководиоца оперативне структуре врши високи званичник Министарства локалне самоуправе и Координатор за прекограничну сарадњу које предлаже Министар за локалну самоуправу и именује НИПАК актом о именовању, док улогу Тела за прекограничну сарадњу Републике Северне Македоније врши структура унутар Министарства локалне самоуправе. Дужности Контролног тела вршиће се од стране Организационе јединице у оквиру Одељења надлежног за послове финансија у оквиру Министарства локалне самоуправе, које је функционално одвојено од Тела за прекограничну сарадњу.
Оперативне структуре Републике Србије и Републике Северне Македоније заједнички ће обезбедити све задатке везане за програмирање, укључујући све измене и допуне Програмске документације; управљање техничком помоћи у оквиру Програма; спровођење на програмском нивоу (за разлику од уговорног нивоа), укључујући оснивање и управљање Заједничким техничким секретаријатом; праћење, евалуацију и извештавање на програмском нивоу, укључујући оснивање и организацију Заједничког одбора за праћење; доступност информација о програму, као и њен публицитет и видљивост. Такође ће осигурати редовну и несметану комуникацију између Оперативне структуре Србије и Оперативне структуре Северне Македоније.
