Српската оперативна структура за Програмата го сочинуваат раководителот на оперативната структура, заедно со Единица за поддршка, тело за прекугранична соработка и договорниот орган; првите две се наоѓаат во Српското министерство задолжено за европска интеграција, а последново во Српското Министерство за финансии.
Лицето одговорно за работите од оперативната структура за управување со програмите за прекугранична соработка во рамките на ИПА II (раководител на оперативна структура) е одговорно за соработка со Национален Овластен Службеник за да се обезбеди законитоста и регуларноста на тековната трансакција и одговорното финансиско управување на ПС програми, како и соработка со Национален ИПА Координатор , со цел да се обезбеди постигнување на целите и резултатите од програмата за прекугранична соработка, обезбедувајќи законитост, валидност и одговорно финансиско управување во рамките на оперативната структура за управување со програмите за прекугранична соработка;
Тело за програмите за прекугранична соработка е одговорно за подготовка на програми за Прекугранична Соработка или измени и дополнување на (ревизија на) програмата, развој на билатерални договори и обезбедување нивна имплементација, обезбедување на учество на состаноците на заедничките комитети за следење (ЗКМ ) и други билатерални состаноци, овозможувајќи назначување претставници во ЗКС, воспоставување на ЗТС и обезбедување на човечки ресурси за негово правилно функционирање, подготовка и спроведување на стратешките одлуки на ЗКМ, поддршка на работата на ЗКМ и обезбедување на информации потребни за извршување на особено ги информира за напредокот на програмата во постигнувањето на целите предвидени со тематски приоритети како што е дефинирано во програмата за ПГС, како и за други функции во согласност со релевантните законодавства на ЕУ и Србија.
Договорниот орган е одговорен за спроведување на постапки за јавни набавки (објавување повици за предлози), склучување на договори, плаќања, сметководство, следење на спроведувањето на договорите и финансиско известување поврзани со доделување грантови или други договори во рамките на имплементацијата на програмите за Прекугранична Соработка ИПА II, како и за друга функција во согласност со релевантните законодавства на ЕУ и Србија.
Оперативната структура на Република Северна Македонија во Програмата ја сочинуваат раководителот на оперативната структура, телото за прекугранична соработка и контролното тело. Улогата на раководителот на оперативната структура ја врши висок претставник на Министерството за локална самоуправа и координатор на Прекугранична Соработка, номиниран од министерот за локална самоуправа и назначен од Националниот ИПА Координатор со акт за означување, додека улогата на телото за Прекугранична Соработка на Северна Македонија се врши од страна на структурата во рамките на Министерството за локална самоуправа. Должностите на Контролното тело се разрешуваат од страна на организациска единица во рамките на Секторот за финансии на Министерството за локална самоуправа, функционално одделени од телото на ПС. Оперативните структури на Република Србија и Република Северна Македонија заеднички ги обезбедуваат сите задачи поврзани со програмирање, вклучувајќи ги и сите измени на програмскиот документ; управување со техничка помош во рамките на Програмата; имплементација на ниво на програма (за разлика од договорното ниво), вклучувајќи го и воспоставувањето и управувањето со Заедничкиот технички секретаријат; следење, евалуација и известување на ниво на програма, вклучувајќи формирање и организација на Заедничкиот комитет за следење; достапност на информации за Програмата, како и нејзиниот публицитет и видливост. Тие, исто така, обезбедуваат редовна и непречена комуникација помеѓу Оперативните структури на Република Србија и Република Северна Македонија.
